شورای علمی جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی متشکل از ریاست، معاون پژوهشی، معاون آموزشی، مدیران گروه‌های پژوهشی، اعضای هیات علمی و اعضای مدعو بر حسب نیاز، وظایفی به شرح زیر را بر عهده دارد:
- سیاست‌گذاری، نظارت و ارزیابی بر برنامه‌های کلان پژوهشی، فناوری و توسعه
- بررسی و تصویب طرح‌های پژوهشی به لحاظ چهارچوب‌های علمی و اخلاقی، نوآوری و فن‌آوری
- برنامه‌ریزی و بسترسازی جهت برگزاری همایش‌های علمی، کنگره، سمینار، کارگاه یا دوره های آموزشی/ پژوهشی
- بررسی و نظارت پیشرفت طرح‌های کلان و استراتژیک پژوهشی طبق پروپوزال مصوب و درصورت لزوم تجدید نظر و تصویب تغییرات آنها